Dnem 1. 10. 2010 je v IS CERTIS uplatněn nový autorizační a autentizační systém pro vstup oprávněných osob. Přístupová práva jsou vázána na funkci uživatele a k přístupu je nutná aktivace uživatelského účtu.

Účty ředitelů škol a raterů budou zakládány CERMATem. Po jejich založení obdrží ředitelé škol a rateři e-mailovou zprávu se vstupními přihlašovacími údaji do tzv. „Samoobslužné aplikace“ a „Manuál k Samoobslužné aplikaci“. V této aplikaci si musí nejprve aktivovat svůj uživatelský účet pro vstup do IS CERTIS.

Po aktivaci svého uživatelského účtu mohou ředitelé škol (pouze funkce ředitel školy a dále pak funkce statutární zástupce) vkládat do IS CERTIS další tzv. oprávněné uživatele a přiřazovat jim funkce.

Ostatní oprávnění uživatelé, kteří ještě nemají uživatelský účet, se musí obrátit na ředitele školy s žádostí o jeho založení. Před vstupem do IS CERTIS na takto ředitelem vytvořený účet musí uživatel provést jeho prvotní aktivaci v „Samoobslužné aplikaci“ stejným způsobem jako ředitel školy (viz. Manuál k samoobslužné aplikaci).